أصدر آية الله العظمى الإمام السيد علي الخامنئي بيان تعزية بمناسبة وفاة آية الله الشيخ حسين علي منتظري، وجاء في بيان الإمام الخامنئي:
"تلقينا ببالغ الحزن والاسي نباء وفاة الفقيه الجليل آية الله الحاج الشيخ حسين علي منتظري رحمة الله عليه، لقد كان المرحوم فقيها كبيرا وأستاذا بارزا وقد ارتوي من منهله العذب وعلمه الواسع  طلاب كثيرون".
واشاد الإمام الخامنئي بالخدمات الجمة التي قدمها الراحل للثورة الاسلامية حيث تحمل شتى المعاناة في مسيرته النضالية .
واكد الإمام الخامنئي أن الفترة الأخيرة من الحياة المباركة للإمام الراحل "رض" شهدت إختبارا صعبا وخطيرا للشيخ المنتظري، مبتهلاً الى الله تبارك وتعالى أن يتغمد الفقيد بمغفرته ورحمته الواسعه ويجعل الابتلاءات الدنيوية كفارة له.
وأعرب الإمام الخامنئي في البيان عن تعازيه لعائلة الفقيد وخاصة زوجته وأبنائه المحترمين.