غير أن هذه العلوم لم يصل إلى أيدينا منها إلاّ الشيء القليل، حيث ذهب معظمها ضحية الخلاف السياسي الذي أعقب عصر الإمام، فكم من كتب مخطوطة وغير مخطوطة للشيعة أحرقتها نيران المنحرفين (مكتبة الفاطميين بمصر التي كانت تضم أكثر من ثلاثة ملايين كتاب مخطوط). وكم من كتب ابتلعتها أمواج دجلة والفرات وأحرقتها مطامع العباسيين ببغداد والكوفة وهجمات التتار والمغول على المدينة وغيرها من المدن الإسلامية، وكم من محدّث واسع المعرفة جمّ الثقافة ظلت العلوم هائجة في فؤاده لا يستطيع لها نشراً خوفاً من إرهاب العباسيين وإجرامهم. فهذا ابن أبي عمير ظلَّ في سجون بني العباس مدة طويلة، وما كتبه في هذه المدة لم يعرف طريقه إلى الناس وبقي إلى جانبه في السجن حتى عفن وأكله التراب.‏