وقد شُكلت لجنة عليا أولا لدراسة ما حصل في رفح لاستخلاص العبر وضمان عدم تكراره في مناطق أخرى، ومن ثم لمتابعة أي خلاف في مهده وحله من جذوره حتى لو أدى إلى تدخل قيادات عليا بشكل فوري. كما اتفق على ضرورة اتخاذ خطوات إضافية من اجل تنقية الأجواء وتلطيفها بين قواعد الحركتين للمساهمة في توطيد العلاقة وليس العكس. وكان واضحا من حديث الدكتور الزهار والشيخ عزام عن العلاقة الاستراتيجية وأبعد من ذلك عن المشروع الإسلامي الكبير وصولا إلى الوحدة حول هذا المشروع حرص الجانبين على معالجة كل الأمور العالقة التي من شأنها أن تخلق توترات جديدة من خلال آليات يبدو انه اتُخذ قرار صارم بوضعها في كل محافظات القطاع للتعامل مع أي خلافات قد تنشب بين الجانبين. ولأن الجهاد الإسلامي لم يكن يوما طرفا في نزاع أو قتال أو مواجهة داخلية مع أي طرف فلسطيني، ولأنه ظل بعيدا حتى عن الصراع والاستقطاب السياسي، فقد كان لحديث قادته معنى مختلف وكان وقعه على نفوس قادة حماس وقعا مختلفا، وهو ما دفع مصادر الحركتين إلى تأكيد أن هذه الاتفاقات مختلفة عن تلك التي كانت تُبرم أو كان يُتوصل إليها بين حماس وفتح إبان المواجهات المسلحة بين الطرفين.‏